O sistema ERP possui recursos de segurança que, além de evitar falhas humanas, protegem a empresa contra crimes de sabotagem, espionagem, invasões de hacker e utilização indevida de informações privilegiadas.
Os principais mecanismos de controle consistem em criptografia, senhas individuais, limitação de acesso dos usuários e geração de histórico de uso, o que possibilita identificar os responsáveis por eventual má utilização do sistema.
Os sistemas ERP também disponibilizam ferramentas para realização de cópias de segurança e gerenciamento de Bancos de Dados, garantindo a guarda e a manutenção das informações que formam a “vida” da empresa em todos os aspectos.
Além da segurança interna também existem nos sistemas ERPs mecanismos para identificação de cheques fraudados, identificação de pessoas ou empresas com crédito negativado, conferência eletrônica de informações, conexões seguras com serviços online de bancos e órgãos governamentais, garantindo também a confiabilidade das informações trocadas por esse meio; backup interno periódicos pré-programados para resguardar as informações relativas as operações da empresa.